Medzi najčastejšie zdravotné problémy patrí dysplazia bedrových kĺbov, ochorenia srdca, natrhnutia skrížených väzov ale aj rakovinové ochorenia. Netrénovaný pes bez pohybu je náchylnejší na zlomeniny a poranenia svaloviny. Imunitný systém rotvajlera nie je stopercentný nikdy. Najmä šteniatka je preto dobré chrániť povinným očkovaním a nezanedbať klasický postup injekcií pri malých šteniatkach.
Správne stavaný pes je menej náchylný na ochorenia kostí a ďalšie choroby. Má veľmi hrubú a hustú srsť, ktorá si nevyžaduje žiadne namáhavé úkony na starostlivosť. Je však odporúčané mať na pozore akékoľvek zmeny na tele a nepodceňovať ich v rámci vyhľadania veterinára. Sledujte aj drobné parazity a prípadné problémy so srsťou. Pes by nemal byť držaný na zablatených plochách bez možností čistého uloženia. (pozn. žiaden pes).

Ďalšie choroby, ktoré môžu postihnúť rotvajlera: Aortálna stenóza, diabetes mellitus, elblowa dysplázia, histiocytom, folkulárna dysplázia a iné formy dysplázie, svalové dystrofie, poruchy zornicovej membrány, hypotyreóza, ochorenia obličiek, vrodená hluchota či problémy s očami.

Dysplazia bedrových kĺbov
Pri viacerých plemenách veľkých psov sa vyskytuje vrodená dysplázia bedrového kĺbu. Hoci je doménou veľkých a obrích psov, nie je ničím vzácnym aj postihnutie stredne veľkých psov. Vedecky nie je potvrdený dôvod vzniku tohto ochorenia, no je jasný dedičný pôvod a geneticé dôvody. Ochorenie je progresívne, čiže sa vekom môže len zhoršovať. Po odbornej stránke ide o subluxáciu, čo je pojem označujúci stav kedy bedrový kĺb v hornej časti stehennej kosti drží v chrupavke pri panve, avšak väzivo držiace kosti pohromade nedrží a je uvoľnené. Pre psa býva toto ochorenie veľmi bolestivé. Dysplázii je možné sa vyhnúť aj nepreháňaním namáhavého výcviku vo veľmi mladom veku psíka.

Stenóza aorty
Ochorenie obehovej sústavy sa nevyhýba ani rotvajlerom. Ide o ochorenie prietoku krvi, kedy sa srdce musí viac narobiť, aby všetka krv v tele psa prebehla svojim obehom pre upchatie ciev. Problémom trpia mnohé psy, avšak pre ich život to nemusí mať zásadný vplyv. Horšie to je však na jeho potomstve, ktoré toto ochorenie získava už vrodené. Odhaliť ho môže len špecializovaný odborník.

Šedý zákal – Katarakt
Žiaľ dokonca ani problém s očami a ušami sa psom nevyhýbajú. Pri rotvajleroch sa môžeme stretnúť s viacerými ochoreniami očí. Jedno z najčastejších môže byť aj šedý zákal, pri ktorom nastáva neprehliadnosť očnej šošovky. Rýchly postup ochorenia môže mať za následok slepotu. Problematické môže byť ochorenie na obidvoch očiach. Katarakt očí nemusí chovateľ spozorovať a ani nemusí poznať, do akej miery je jeho pes postihnutý. Pri ochorení je dobré, aby pes poznával okolie a vybudoval si zvyk na umiestnenie predmetov aj mimo dvor na ktorom je chovaný, pokiaľ chodieva na prechádzky. Pes pri čiastočnej strate zraku posilní ostatné zmysly ako čuch a sluch.

Kosti a ďalšie menej časté ochorenia
Demodikóza, inak zvaná ako prašivka, histiocytóza, neuroaxonálna dystrofia, retinálna dysplázia, syndróm voľných krčných stavcov a iné.

Vitiligo
Dedičné ochorenie pokožky, ktoré postihlo aj Michaela Jacksona, sa vyskytuje aj vo zvieracej ríši. Vitiligo neovplyvňuje bežný život psa a ani jeho zdravie, len vzhľad, ide o stratu pigmentu v koži a môže spôsobovať svetlé sfarbenie srsti. Stav nastáva, keď imunitný systém útočí na pigmentovú funkciu v domienke škodcu. Prípravkom na vrátenie pigmentu príliš neverte. Výsledok nie je nikde nikdy zaručený.

Ďalšie ochorenia ktoré možno získať dedične sú leukodystrofia, mikroftalmia, volvulus, ochorenia obličiek, dystrofia rohovky a ďalšie.